gnome-terminalは--geometryオプションを付けて起動すれば、サイズを指定できる。 書式は以下の通り。

gnome-terminal --geometry=[桁]x[行]+[左上のX座標]+[左上のY座標]

位置の + を - にすれば位置が逆になる。
例えば、以下のように指定して起動する。

現在のサイズと位置はxwininfoコマンドで調べられる。